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概述
BD Rhapsody™单细胞分析系统包括BD Rhapsody™扫描仪和BD Rhapsody™ Express单细胞分析系统。BD Rhapsody™ Express 系统配备的专有单细胞捕获技术,以微孔为基础,稳定,能够捕获数百到数千个单细胞并为其打上条形码,分析基因组和蛋白质组信息。BD Rhapsody™扫描仪旨在可视化单个细胞捕获工作流程中的所有步骤,为每个步骤提供详细的分析度量,以便用户在整个工作流程中做出关键决策。
BD Rhapsody™ Express单细胞分析系统提供的单细胞分割,以微孔为基础,功能强大。
- 最低限度一套台式设备,没有射流泵。
- 当细胞在重力作用下沉入微孔时,可以对其进行温和的处理
- 每个BD Rhapsody™微孔板均包括一个超过22万个分区的微孔阵列。
- BD Rhapsody™微孔板体积约为600µL,稀释细胞悬浮液可直接装入微孔板,无需将其浓缩到非常小的体积。
- 由于没有微流通道,因此细胞堵塞通道的问题并不严重。
- 微孔经过特殊处理,以防止细胞粘附在表面,并进行深入的质量控制
可以保留与BD Rhapsody™系统一起使用的稳定磁性条形码微球,用于以后的实验,使实验设计具有灵活性。
- BD Rhapsody™微球在整个工作流程中保持完整。
- 带有cDNA分子的微球可以保存几个月
- 可以对微球进行二次取样以创建多个测序库
- 可以将微球合并在一起,合并建库,以提高操作效率
- 可以与研究伙伴轻松分享微球样本。
- 二次取样微球可以帮助提高性能标准化,制定标准操作规范(SOP)。
从储存12周的微球获得的数据中可以看出,基因表达的高度相关性和最小批量效应。
BD Rhapsody™单细胞分析系统是转化研究的理想选择。
无需微流体,基于重力的单细胞捕获,作用温和结果具有可靠性和可重复性。
- 技术平行样本的批次效应小
- 生物平行样本的批次效应小
- 地点间差异性小可
- 用户间差异性小
- 最小样本偏差
- 能够生成大数据集,而无需批次效应校正
在技术平行样和生物平行样之间,以及用户和研究地点之间可以看出基因表达的高度相关性。
BD Rhapsody™扫描仪能够可视化单个细胞捕获,并在每个步骤中提供关键质量指标。
BD Rhapsody™扫描仪:
- 通过BD Rhapsody™微孔板上的光学透明窗口,可以直观地检查微孔板和每个微孔。
- 通过直接生成微孔板的图像,分析细胞制备的质量,提供质量控制措施,例如细胞捕获率和细胞倍增率。如果在微孔板工作流程中出现错误,质量控制指标会提供提示,以便您决定是否继续进行测序。
- 可用于故障排除,并提供预计通过测序检索的细胞数的估计值。
Analysis
Number of wells with viable cells at cell load 9118 |
Cell multiplet rate at cell load 2.4% |
Number of wells with viable cells and a bead 7999 |
Cell multiplet rate 2.0% |
Bead loading efficiency PASS |
Cell retention rate PASS |
Bead retrieval efficiency PASS |
Excess bead rate PASS |
性能
BD Rhapsody™单细胞分析系统提供的结果具有可靠性和可重复性,因此是转化研究的理想系统。
与其他系统相比,BD Rhapsody™单细胞分析系统细胞捕获率更高,多种细胞类型的多态率更低。
所有mRNA和蛋白质标记物在两块微孔板中确定了相似的T细胞亚群
生物平行样本具有相似的数据
生物平行样本具有相似的数据
生物平行样本具有相似的数据
BD Rhapsody™单细胞分析系统能够同时测量表面蛋白和mRNA的表达,有助于识别不同的调节性T细胞亚群。
根据CD45RA和HLA-DR分选Treg样本的手工门控和二元分析确认的3个主要Treg亚群,进行了差异基因表达和差异蛋白表达分析。使用BD Rhapsody™靶向人类免疫反应试剂盒进行差异基因表达分析(399个基因)。上调基因(>1.25x)如上面热图所示。用BD®AbSeq Oligo-Conjugated Antibodies同时进行22种蛋白的差异蛋白表达。
BD Rhapsody™单细胞分析系统可用于T细胞衰竭的深度解析。
在CD8+T细胞刺激的第14天,12种蛋白和基因的表达显著上调。根据标记的表达水平,出现了两个群体(红框和绿框)。确认CD38、CD39和CD94的共同表达模式。
BD Rhapsody™单细胞分析系统可以解决先天性淋巴细胞异质性问题。
单细胞水平的差异蛋白和基因表达。主要ILC亚群存在异质性。
BD Rhapsody™单细胞分析系统可以识别CLL样本中的异质性。
通过同时进行mRNA和蛋白质分析,可以很好地确定聚类。来自健康捐赠者的样本也有相似的分类。CLL样本进行单独聚类。
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